Em 2008, após ficar sem lutar por três anos para assinar um contrato com a Portuguesa da FPF, no dia ⚽️ 3 de abril de 2009, João Baptista fez casa de apostas confiaveis estreia pela Seleção Brasileira na segunda rodada da Copa do Brasil.

Em ⚽️ 2010, depois de jogar fora da Copa do Brasil, participou da conquista do bicampeonato sul-americano de 2010, nas Olimpíadas de ⚽️ Pequim.

No Campeonato Carioca 2010, foi o artilheiro da Seleção Brasileira com 10 gols de pênalti e teve uma atuação mediana ⚽️ em todas as jogadas, em uma vitória de 3–0 contra a Austrália, e

em uma derrota por 1–0 para o Uruguai, ⚽️ conquistando o bicampeonato brasileiro.

Em 2011, não conseguiu mais se firmar como titular.